Las cuencas hidrográficas, que son parte sistémica del territorio,son unidades especiales de ordenación, que contienen en su defensa e interelación agua, suelo, vegetación, fauna, minerales que son sustentos de vida, junto con la población, los usos de la tierra, las actividades económicas, los tejidos comunitarios y otras más que son parte sustantiva de ese espacio social construido.

Las cuencas identificadas por su integralidad social dentro del territorio, son las siguientes:

Cuenca Arquía:  Municipio de Caramanta.

Cuenca Conde:  Municipios de Caramanta, Támesis y Valparaíso.

Cuenca Cartama:  Municipio de Támesis, Valparaíso y La Pintada.

Cuenca Riofrío:  Municipio de Támesis y Jericó.

Cuenca Piedras:  Municipio de Jericó.

Cuenca Mulatos:  Municipio de Pueblorrico y Tarso.